马来西亚理科大学优势学科有：纺织轻工、建筑环境与设备工程、建筑工程、建筑设计、药学、教育学、土木工程、管理科学与工程、化学工程、生物统计学、国际贸易、地理科学、人力资源管理、统计学、经济学、工商管理、电气工程、电子信息工程、运作管理学等。
优势专业
药剂及药理学专业
马来西亚理科大学药学院，提供药物化学、制药技术、药理学、生理学、临床药学以及社会和管理药学等多门，在2021年QS世界大学学科排名当中药剂与药理学专业排名当中位列第75位。
建筑学及建筑环境专业
马来西亚理科大学住房、建筑和规划学院是马来西亚理科大学的热门学院之一，学院开设了建筑、室内设计、建筑测量、建筑技术、施工管理、城市和区域规划以及工料测量七个本科课程，并获得了各个专业学科机构的认证。例如：马来西亚建筑师学会、马来西亚建筑师委员会、马来西亚皇家测量师学会、英国皇家特许测量师学会、亚太区工料测量师协会和马来西亚规划师学会。
除此之外住房、建筑和规划学院还提供硕士和博士学位的课程和研究，研究方向宽广，涵盖建筑技术、城市规划、项目管理、建筑、景观建筑、室内设计、住房和工料测量八大领域。在2021年QS世界大学学科排名当中建筑学和建筑环境专业排名第101位。
化学工程专业
马来西亚理科大学化学科学学院是马来西亚最大的化学学院之一，学院遵循自由和多学科性质的研究体系，提供本科至博士阶段的各类化学专业课程，课程涵盖有机化学、物理化学、无机化学、工业化学、分析化学等专业方向。在2021年QS世界大学学科排名当中化学工程排名第101位
语言与文学专业
马来西亚理科大学人文文学院，马来西亚国内领先的人文学院之一。人文学院作为人文学科的中心，其学术领域广泛，涵盖了哲学、文明、宗教、语言、文学、历史、地理和翻译等众多学科。人文学院也作为学术中心，设立了三门文学学士课程，分别是文学、英语语言及文学研究、翻译及口译。
在2021年QS世界大学学科排名当中英语语言与文学排名175位；地理学排名181位；语言学283位。
传媒研究专业
马来西亚理科大学传媒学院是马来西亚传媒研究的先驱，传媒学院提供学士至博士阶段多门课程，专业领域包括传播、新闻业、公共关系、广告、电影和广播、媒体与文化研究、人际交往等学科。除专业教学外，学校还为学生提供传媒相关的社会、文化、政治、历史维度相关的广泛知识。在2021年QS世界大学学科排名当中传媒研究专业位列第151位。
